Deşi exteriorul Bisericii Sao Roque este cât se poate de monoton, fără elemente surprinzătoare care să atragă atenţia turiştilor, interiorul acesteia este cu totul şi cu totul diferit. Biserica Sao Roque se mândreşte cu unul dintre cele mai bogate interioare din Lisabona, detaşându-se în acelaşi timp, ca una dintre cele mai splendide materializări ale stilului baroc. Astfel, tavanul excelent realizat ca operă picturală al navei domină 8 capele dintre care una (a patra din stânga) este considerată a fi cea mai scumpă capelă din lume.
Această capelă, numită Capela de Sao Joao Baptista (Capela Sfântului Ion Botezătorul), a fost construită de către Luigi Vanvitelli la jumătatea secolului al XVIII-lea, însă povestea realizării sale este destul de sinuoasă. Astfel, Regele Joao V a fost cel care a comandat construirea capelei în 1741, aceasta fiind iniţial realizată în Roma. Capela a necesitat folosirea a tot felul de materiale preţioase, cum ar fi fildeş, lapis lazuli, agat, aur, argint şi porfir. După construire, a fost dezmembrată şi adusă la Lisabona în 1747, iar apoi reasamblată în Biserica Sao Roque.
Un alt element de interes major al bisericii se referă la sacristie, care cumulează un mare volum de picturi. Faptul că biserica mai adăposteşte şi o colecţie de relicve sfinte (dintre care sunt de importanţă notabilă un spine din infama coroană a lui Iisus, precum şi o parte din sfântul său leagăn) contribuie la reputaţia cărţii de vizită a edificiului.