Actuala Biserică Sao Domingos a fost construită ulterior cutremurului din 1755 din Lisabona pe situl unei mănăstiri, anume, Mănăstirea Sao Domingos, reţinută de istoria naţională ca fiind locul de unde Inchiziţia îşi pronunţa sentinţele. Mănăstirea anterioară data din secolul al XII-lea, ceea ce înseamnă că era la fel de veche precum Catedrala Lisabona. Ultimul eveniment major care a afectat Biserica Sao Domingos a fost un incendiu din 1950 şi ale cărui urme sunt încă vizibile: puţinătatea decoraţiunilor, stâlpii arşi şi altele asemenea.
Astfel, interiorul bisericii oferă una dintre cele mai dramatice privelişti din Lisabona. Este, pe de altă parte, maiestuos jalonat de altarul înalt (flancat de coloane din marmură roşie şi dominat de Sfânta Treime) şi de sacristie, unde au fost adăpostite timp de secole rămăşiţele pământeşti ale Regelui Afonso III, până ce acestea au fost mutate într-un nou locaş, la Alcobaca. Tavanul este singurul parţial restaurat după 1950. Biserica Sao Domingos rămâne, în ciuda tuturor acestor consideraţiuni, un obiectiv turistic major din Lisabona pentru vizitatorii de toate confesiunile şi credinţele.